Hrvatska protestantska konferencija predstavlja svoj logo. U sredini se nalazi križ s pleterom, skraćenica HPK te naziv Hrvatska protestantska konferencija. Kružno se nalaze ispisana tri Sola na latinskom jeziku (Sola scriptura – Samo Pismo, Sola gratia – samo milost, Sola fide – samo vjera, Solus Christus – samo Krist i Soli Deo gloria – Samo Bogu slava) koje ističu učenje i identitet Hrvatske protestantske konferencije.